Com a conclusão das obras da Estação de Tratamento de Esgotos Várzea do Palácio e do sistema Cumbica/Pimentas, que levará o esgoto para a estação de São Miguel, estimada para este ano, Guarulhos será o terceiro município que mais trata os esgotos produzidos na cidade de toda a Região Metropolitana de São Paulo (RMSP), chegando a 70% e ficando atrás, apenas, de Rio Grande da Serra e Poá.
Atualmente, com o ratamento de 35% dos esgotos, resultante da inauguração das ETEs São João e Bonsucesso, o município ocupa a 11ª posição, entre as 39 cidades que compõem a RMSP – segundo último balanço do Sistema Nacional de Informações sobre Saneamento (SNIS).
Em termos de coleta de esgoto, Guarulhos está, juntamente com Mauá, Mogi das Cruzes e Poá, na quarta posição, com cerca de 80% de cobertura (no início da década, este índice era de 65%), ficando atrás apenas de Diadema, Santo André e São Caetano.
As obras do Programa de Tratamento de Esgoto de Guarulhos são realizadas desde 2008, com recursos próprios e recursos do Programa de Aceleração do Crescimento (PAC) do Governo Federal. Segundo o Serviço Autônomo de Água e Esgoto (Saae), aproximadamente 80% da população total de Guarulhos é hoje atendida com coleta de esgoto, por meio de 1.642,06 quilômetros de rede – valor geral até setembro de 2011.
Conforme previsto no Plano Diretor do Sistema de Esgotamento Sanitário (PDSE) do município, o tratamento dos esgotos se dará por meio de sete subsistemas, sendo eles: São João (15%); Bonsucesso (20%); Várzea do Palácio (15%); Cumbica/Pimentas (20%); Centro (27%); Cabuçu e Fortaleza (3%). Já a meta estabelecida no Plano Municipal de Abastecimento de Água e Esgotamento Sanitário (PMAE) é tratar 80% dos esgotos até 2017.