Dom Joaquim foi batizado em 28 de janeiro de 1950 na Paróquia Santa Catarina da Serra, em Leiria, Portugal. Ainda jovem sua família emigrou de Portugal e estabeleceu-se no estado de São Paulo. No Brasil, recebeu o sacramento da Crisma em 26 de julho de 1964, na Paróquia Santa Teresinha do Menino Jesus, localizada na cidade de Jundiaí/SP.
Recebeu a ordenação diaconal em 11 de junho de 1976, na sua terra natal, Santa Catarina da Serra. Em 19 de março de 1977, Dom Gabriel Paulino Bueno Couto celebrou sua ordenação presbiterial na Catedral Nossa Senhora do Desterro, em Jundiaí. Foi nomeado Monsenhor "Capelão de Sua Santidade", pelo Papa João Paulo II, em 6 de agosto de 1990.
Em 24 de março de 2005, o Papa João Paulo II o nomeou Bispo Titular de Cabarsussi e Bispo Auxilar da Arquidiocese de São Paulo. Suaordenação episcopal foi celebrada pelo cardeal Dom Cláudio Hummes em 21 de agosto do mesmo ano, sendo seus consagrantes os bispos Dom Osvaldo Giuntini e Dom Gil Antônio Moreira no ginásio de esportes "Dr. Nicolino De Lucca" também na cidade paulista de Jundiaí.
Na Arquidiocese de São Paulo foi o bispo responsável pela Região Episcopal Santana.
No dia 14 de março de 2008, Dom Joaquim Justino Carreira recebeu o título de cidadão paulistano outorgado pela Câmara Municipal de São Paulo. O título foi iniciativa do vereador João Antonio e a cerimônia de entrega contou com a presença do prefeito municipal de São Paulo, Gilberto Kassab.
Aos 25 de junho de 2011 teve seu nome divulgado como membro da Comissão Episcopal Pastoral para a Vida e a Família da CNBB1 .
No dia 23 de novembro de 2011 o Papa Bento XVI o nomeou para bispo da Diocese de Guarulhos.
