Por meio de nota enviada à imprensa, o Instituto Gerir se manifestou em relação a uma liminar concedida por um juiz trabalhista, que determinou a suspensão do contrato entre a organização e a Prefeitura para a gestão do Hospital Municipal de Urgências, o Hospital da Criança e Adolescente e a Policlínica Paraventi
"O Instituto Gerir entrará com um mandado de segurança e confia que a decisão judicial será revista. As melhorias na saúde em Guarulhos, implementadas recentemente, são visíveis e podem ser comprovadas todos os dias pelos usuários da rede pública municipal."
Uma decisão em caráter liminar da Justiça do Trabalho de Guarulhos deu o prazo de 20 dias para que a Prefeitura suspenda o convênio firmado com o Instituto Gerir na administração do Hospital Municipal de Urgências e do Hospital Municipal da Criança. Também determina a suspensão dos serviços terceirizados decorrentes do convênio, além de estabelecer o retorno dos servidores transferidos para outros postos de trabalho.
À decisão judicial, movida por uma ação do Sindicato dos Servidores, cabe recurso.