Nossa Senhora da Conceição dos Guarus foi o nome dado pelo Padre Jesuíta Manuel de Paiva ao aldeamento dos índios Guarus da tribo dos Guaianases, integrantes da nação Tupi, localizado às margens do rio Tietê. Era 8 de dezembro de 1560. Na ocasião, foram criados cinco outros povoamentos que tinham como principal objetivo defender o povoado de São Paulo de Piratininga contra um possível ataque dos Tamoios. Um deles foi a vila de São Miguel, hoje Bairro de São Miguel Paulista.
O nome da cidade foi uma referência ao termo Guaru, que significa "índio barrigudo" ou "peixe barrigudo". Porém, estudos recentes indicam que os índios que habitavam a região na época da fundação da cidade eram os "maromomi" do tronco etnolinguístico "macro-jê".
Em poucos anos, o aldeamento avançou, em função da mineração, iniciada em 1590 por Afonso Sardinha. As primeiras minas estavam localizadas na atual região do Bairro dos Lavras, cujas antigas denominações eram Serra de Jaguamimbaba, Mantiqueira e Lavras-Velhas-do-Geraldo.
Aquelas "Lavras Velhas do Geraldo", hoje podem ser vistas na margem direita da estrada de Nazaré Paulista, um pouco adiante da região do São João. "Houve pelo menos seis lavras em território guarulhense que se localizam em pontos diferentes de uma vasta área, compreendendo algumas dezenas de quilômetros quadrados, onde se acham os bairros de Lavras, Catas Velhas, Monjolo de Ferro (esta deve ter sido a chamada 'Lavras Velhas do Geraldo'), Campo dos Ouros, Bananal e Tanque Grande". (Noronha & Romão, 1980).
Entre os séculos XVII e XVIII houve momentos de grande interesse por Guarulhos haja vista a quantidade de número de ordens estabelecendo as sesmarias (responsáveis pela ocupação e assentamentos na época do Brasil Colônia) expedidas para a região.
Os sesmeiros se dedicaram à agricultura e à mineração e, como atividade de apoio. Eles criavam gado e cavalos. Há registros da instalação de engenhos de açúcar entre 1600 e início do século 20, com a produção de álcool e aguardente. A agricultura da região possivelmente sofreu com o clima úmido e frio que acarretou ferrugem ao trigo, mosaico a cana e curuquerê ao algodão.
Após o final do ciclo do ouro, que durou 200 anos, vieram depois os ciclos do Tijolo ao longo das várzeas dos rios Tietê, Cabuçu e Baquirivu-guaçu surgindo centenas de olarias na cidade, na maioria pelos imigrantes italianos. Com a introdução do tijolo como material de construção substituindo a taipa de pilão, as olarias em Guarulhos se destacaram no crescimento da Capital.
Em 1880, Guarulhos se emancipou de São Paulo, com o nome de Nossa Senhora da Conceição dos Guarulhos. O nome atual só foi adotado após a promulgação da Lei nº 1.021, de 6 de novembro de 1906.
O início do século XX foi marcado pela chegada da ferrovia e da energia elétrica (Light & Power), pelos pedidos para instalação da rede telefônica, licenças para implantação de indústrias, de atividades comerciais e pelos serviços de transporte de passageiros.
A década de 1930 foi marcada pelos atos de Intervenção Federal, Constituição da Junta Governativa de Guarulhos e pelo Movimento Constitucionalista. (Reflexos da Revolução de 30 – fim da República).
Em 1940 foi inaugurada a Biblioteca Pública Municipal, em 1941 o primeiro Centro de Saúde da cidade e dez anos após inaugurou-se a Santa Casa de Misericórdia de Guarulhos. E nessa década chegaram ao Município indústrias do setor elétrico, metalúrgico, plástico, alimentício, além das de borracha, calçados, peças para automóveis, relógios e couros.
Em 1945 a Base Aérea de São Paulo (BASP) foi transferida do Campo de Marte, em São Paulo, para o bairro de Cumbica. Em 1963 foi fundada a Associação Comercial e Industrial de Guarulhos, hoje, Associação Comercial e Empresarial de Guarulhos (ACE).
Em 1985 foi inaugurado o aeroporto de Cumbica, hoje denominado "Aeroporto Internacional de São Paulo-Guarulhos Governador André Franco Montoro".
