Desde 2009 a Câmara tenta aprovar a reestruturação dos cargos, mas entra em confronto com o Ministério Público Estadual (MPE). Em junho de 2009 os vereadores criaram 133 cargos, sendo 76 para funcionários antigos que foram realocados em novos postos, enquanto os demais foram repartidos entre apadrinhados dos vereadores.As novas funções geraram um acréscimo de R$ 300 mil mensais aos cofres públicos.
A decisão do Judiciário de exoneração dos comissionados tomou por base uma ação civil, após denúncia do ex-vereador Edson Albertão. Um ano depois, os vereadores aprovaram novo projeto que criava até 192 cargos comissionados, mais uma vez alvo da Promotoria. O MPE tentou também a exoneração de 623 assessores dos parlamentares, mas a Câmara conseguiu reverter a decisão com uma liminar no Tribunal de Justiça de São Pau lo. Todos os processos ainda não foram julgados.
