Em abril, sofreu um processo de cassação pela Câmara, arquivado devido à maioria que o Executivo mantém na Casa, quando veio à tona o escândalo Água e Vida, que discorre sobre o uso da ONG pela família do prefeito para benefício próprio e para a campanha de 2008. O caso é investigado pelo Ministério Público Estadual e Federal, além da Controladoria Geral da União.
Entre outras ações, Almeida também é acusado de não cumprir ordem judicial. Em agosto, o Tribunal de Justiça de São Paulo determinou a extinção de duas leis municipais de 1993 e 1994 que regulamentavam a contratação de funcionários comissionados pela Prefeitura.
De outra parte, neste período de campanha eleitoral, Almeida – que, em diversas ocasiões, foi às ruas pedir votos para os candidatos apoiados pela máquina em horário de expediente – apostou em obras pela cidade. Em julho, inaugurou o Viaduto Cidade de Guarulhos, com projeto e utilização questionados pela oposição. Em agosto, abriu o primeiro Centro de Educação Unificado (CEU).