A votação por meio da identificação biométrica também teve problemas no Ceará. Além da demora para que os eleitores pudessem votar após a identificação das digitais, 15 urnas biométricas tiveram de ser trocadas pelo Tribunal Regional Eleitoral do Ceará (TRE-CE) em Eusébio (cinco), Aquiraz (três), Juazeiro do Norte (três) Sobral (duas) e Crateús (duas).
Outras três cidades do interior cearense (Alcântaras, Ipaporanga e Forquilha) também contam com o sistema biométrico, mas, de acordo com o TRE-CE, nelas não houve necessidade de troca. A dificuldade maior tem sido em relação à identificação da digital do eleitor, que teve de tentar várias vezes até conseguir registrar o voto.
